Monitoring ljudskih prava obuhvata istraživanje i dokumentovanje kršenja ljudskih prava, kao i njihovo procesuiranje pred nadležnim sudovima. Sve aktivnosti koje se preduzimaju u ovom programu imaju za cilj zaštitu žrtava kršenja ljudskih prava i uspostavljanje vladavine prava. Fokus istraživanja su slučajevi policijske torture, politički motivisanog nasilja, diskriminacije i prava manjina. Kada je u pitanju policijska tortura i politički motivisano nasilje, pored istraživanja i dokumentovanja slučajeva torture, Inicijativa pruža pravnu zaštitu žrtvama. Periodičnim izvještajima i po potrebi, javnim saopštenjima, Inicijativa informiše javnost o stepenu kršenja ljudskih prava u domenu torture, a na taj način štiti i same žrtve torture. Pojedini od tranzicionih zakona koji su posljednjih godina donijeti u regionu sadrže mehanizme koji služe ostvarenju i zaštiti ljudskih prava. Praćenjem stepena u kome se ovi mehanizmi primjenjuju u praksi, Inicijativa želi da utvrdi koji od tih mehanizama funkcionišu, a čija primjena nije zaživjela. Na taj način mogu se donijeti jasni zaključci o kažnjivosti, odnosno, nekažnjivosti za kršenje ljudskih prava. U tom pravcu vrši se pritisak na državne organe, kako bi se pojedini zakoni izmijenili i dopunili adekvatnijim rješenjima.

Inicijativa je do sada publikovala na desetine izvještaja iz oblasti ljudskih prava, sa posebnim osvrtom na prava manjinskih naroda u Crnoj Gori, diskriminaciju istih, žrtava torture i sl.