Programi i mbrojtjes së të drejtave të njeriut përfshin monitorimin, hulumtimin dhe dokumentimin e shkeljes së të drejtave të njeriut si dhe procesuimin e tyre në gjykatat kompetente. Të gjitha aktivitetet e ndërmarra në këtë program kanë për qëllim mbrojtjen e viktimave si rezultat i shkeljes së të drejtave të njeriut dhe vendosjen e sundimit të ligjit. Në fokus të hulumtimit janë rastet e torturës policore, dhunës së motivuar për shkaqe politike, diskriminimi dhe të drejtat e pakicave.
Kur bëhet fjalë për torturën policore dhe dhunën e motivuar për shkaqe politike, përpos hulumtimit dhe dokumentimit të rasteve të torturës, Nisma ofron mbrojtje ligjore për viktimat. Përmes raporteve periodike dhe sipas nevojës, deklaratave publike, Nisma informon opinionin për shkallën e shkeljes së të drejtave të njeriut që kanë të bëjnë me torturën, duke mbrojtur në këtë mënyrë edhe vetë viktimat e torturës.Disa ligje të periudhës së tranzicionit, të miratuar viteve të fundit në rajon, përmbajnë mekanizma të cilët shërbejnë për realizimin dhe mbrojtjen e të drejtave të njeriut. Duke përcjellur shkallën e zbatimit të këtyre mekanizmave në praktikë, Nisma dëshiron të shqyrtojë se cilat prej këtyre mekanizmave funksionojnë, dhe nga ana tjetër, zbatimi i cilave mekanizma nuk është jetësuar. Në këtë mënyrë mund të arrihet në përfundime të qarta mbi dënimin respektivisht mosdënimin për shkeljen e të drejtave të njeriut. Në këtë drejtim bëhet presion në organet shtetërore me qëllim që të bëhen ndryshime në disa ligje dhe ato të plotësohen me zgjidhje më adekuate.
